在处理建设用地使用权合同纠纷案件时，以下要点需特别注意：

    首先，明确合同主体资格。在案件审理过程中，要审查合同双方是否具备相应的主体资格，包括但不限于是否具备土地使用权、是否具备签订合同的民事行为能力等。对于不具备主体资格的当事人，法院有权驳回其诉讼请求。

    其次，核实合同内容。审查合同条款是否违反法律法规，是否存在重大误解、欺诈、胁迫等情形。若合同存在违法条款，法院应依法予以撤销；若合同条款存在重大误解、欺诈、胁迫等情形，当事人可请求法院依法变更或撤销合同。

    再次，确定合同效力。审查合同是否具备生效要件，如合同是否已签订、是否已交付定金、是否已完成土地使用权变更登记等。若合同不具备生效要件，法院应依法认定合同无效。

    此外，关注合同履行情况。在案件审理过程中，要审查合同双方是否按约定履行合同义务，是否存在违约行为。若一方存在违约行为，法院可依法判决其承担违约责任。

    在处理纠纷时，还应关注以下问题：

    土地使用权转让是否符合国家相关规定，是否存在违法转让行为。

    土地使用权转让价格是否公允，是否存在恶意串通、虚报价格等行为。

    土地使用权转让是否已办理相关手续，如土地权属证明、土地使用权变更登记等。

    土地使用权转让合同中约定的权利义务是否明确，是否存在争议。

    当事人之间是否存在其他纠纷，如相邻关系纠纷、土地承包经营权纠纷等。

    最后，在案件审理过程中，法院应依法保护当事人的合法权益，确保案件公正、公平、公开。同时，法院还应充分发挥调解作用，促进当事人和解，减少诉讼成本。

    法律依据：

    中华人民共和国物权法第一百三十六条规定：土地所有权、土地使用权、抵押权、质权等权利的设立、变更、转让、消灭，应当依法办理登记。未办理登记的，不得对抗善意第三人。

    中华人民共和国合同法第一百二十三条规定：当事人订立合同，应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则。

    中华人民共和国土地管理法第五十三条规定：土地使用者应当依照本法规定，办理土地使用权登记。未登记的，不得对抗善意第三人。

    中华人民共和国土地管理法实施条例第三十二条规定：土地使用者应当依照土地管理法的规定，办理土地使用权变更登记。未办理变更登记的，不得对抗善意第三人。

    中华人民共和国物权法第一百三十八条规定：当事人订立土地承包经营权合同，应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。

    中华人民共和国土地管理法第三十八条规定：土地使用者应当依照本法规定，办理土地使用权变更登记。未办理变更登记的，不得对抗善意第三人。