土地承包经营权合同纠纷在我国农村地区较为常见，涉及土地承包、租赁、流转等多个环节。处理此类纠纷，需要深入了解相关法律要点和案例分析，以便在法律框架内解决问题。以下是一些处理土地承包经营权合同纠纷的关键法律要点。

    首先，明确土地承包经营权的主体。根据《中华人民共和国农村土地承包法》第十三条，土地承包经营权主体为集体经济组织成员。在处理纠纷时，应确认承包方的主体资格，确保其具备承包经营权。

    其次，合同签订与履行。土地承包经营权合同的签订应遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。在签订合同过程中，双方应明确约定承包期限、承包方式、承包费用等关键条款。在履行合同过程中，承包方应按照合同约定履行义务，发包方也应履行协助、监督等义务。

    再者，土地承包经营权的流转。根据《中华人民共和国农村土地承包法》第二十六条，土地承包经营权可以依法流转。在流转过程中，应遵守法律法规，尊重承包方意愿，不得强迫流转。同时，流转合同应明确约定流转期限、流转方式、流转费用等事项。

    此外，土地承包经营权的变更。在土地承包经营权期限内，承包方因家庭人口、土地质量等原因需要变更承包合同的，应与发包方协商一致，依法办理变更手续。在处理变更纠纷时，应审查变更是否符合法律法规，是否损害了国家、集体和他人的合法权益。

    案例分析方面，以下是一起典型的土地承包经营权合同纠纷案例。

    案例：某村村民甲与该村集体经济组织签订了一份土地承包经营权合同，约定甲承包该村100亩土地，承包期限为20年。在承包期间，甲因家庭原因需要将土地流转给乙，双方签订了流转合同。合同约定，乙流转甲的土地期限为5年，流转费用为每年每亩1000元。合同履行过程中，乙未能按照约定支付流转费用，甲遂向法院提起诉讼。

    法院审理认为，甲与乙签订的流转合同合法有效，但乙未履行支付流转费用的义务，构成违约。根据《中华人民共和国农村土地承包法》第二十六条，乙应承担违约责任。最终，法院判决乙支付甲土地流转费用。

    法律依据：

    1.《中华人民共和国农村土地承包法》 2.《中华人民共和国合同法》 3.《中华人民共和国民事诉讼法》

    综上所述，处理土地承包经营权合同纠纷，需关注合同签订与履行、流转、变更等关键环节，确保纠纷得到合法、公正的处理。同时，了解相关法律法规，为解决纠纷提供有力保障。