子女抚养权纠纷在离婚案件中是一个敏感且重要的议题。处理这类纠纷时，法院会秉持一系列的原则，以确保子女的合法权益得到妥善保护，同时兼顾家庭和谐与子女健康成长。

首先，法院会优先考虑子女的利益。在判决抚养权问题时，法院会以子女的最佳利益为出发点，综合考虑子女的年龄、性别、健康状况、教育需求以及父母的抚养能力等因素。例如，对于年幼的子女，通常更倾向于由母亲抚养，因为母亲在照顾孩子方面往往更为细心和耐心。

其次，法院会考虑父母的抚养能力。这包括父母的经济条件、教育水平、居住环境、健康状况以及是否具备履行抚养责任的能力。法院会努力寻找能够为子女提供稳定、和谐成长环境的父母。

此外，法院还会关注父母之间的关系。如果父母能够保持良好的沟通和合作关系，共同为子女的抚养和教育负责，那么法院可能会考虑将抚养权判给双方共同抚养。

在处理子女抚养权纠纷时，法院还会考虑到子女的意愿。对于一定年龄段的子女，法院会尊重他们的意愿，但最终决策仍需考虑子女的整体利益。

在具体操作中，法院还会考虑以下因素：

法律依据：

《中华人民共和国婚姻法》第三十六条规定：“离婚后，哺乳期内的子女，以随哺乳的母亲抚养为原则。哺乳期后的子女，由双方协议；协议不成的，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。”

《中华人民共和国婚姻法》第三十八条规定：“离婚后，不直接抚养子女的父或母，有探望子女的权利，另一方有协助的义务。行使探望权利的方式、时间由当事人协议；协议不成的，由人民法院判决。”

通过以上原则和法律规定，法院在处理子女抚养权纠纷时，旨在确保子女的权益得到最大程度的保护，同时维护家庭的和谐稳定。在每一个具体案件中，法院都会根据实际情况作出公正、合理的判决。