在房屋拆迁补偿合同纠纷中，民事主体权益的保护与法律适用问题一直是社会关注的焦点。随着城市化进程的加快，拆迁活动日益频繁，由此引发的纠纷也层出不穷。如何在拆迁过程中保障被拆迁人的合法权益，确保拆迁补偿合同的公平公正，是法律实践中的重要课题。

    首先，拆迁补偿合同的签订应当遵循自愿、公平、等价有偿的原则。被拆迁人作为合同的一方主体，其合法权益应当得到充分尊重和保障。在拆迁过程中，拆迁方应当与被拆迁人进行充分协商，确保补偿标准合理、补偿方式透明。任何强制拆迁、低价补偿的行为都是对民事主体权益的严重侵害，应当受到法律的严厉制裁。

    其次，在拆迁补偿合同纠纷的处理中，法律适用应当遵循明确、公正的原则。法院在审理此类案件时，应当严格依据相关法律法规，确保判决的合法性和公正性。对于拆迁方违反合同约定、侵害被拆迁人权益的行为，法院应当依法判决其承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。

    此外，被拆迁人在面对拆迁补偿合同纠纷时，应当积极行使自己的法律权利，通过法律途径维护自身权益。被拆迁人可以寻求法律援助，委托专业律师代理诉讼，确保自己的合法权益得到最大程度的保护。同时，被拆迁人也应当增强法律意识，了解相关法律法规，避免在拆迁过程中因信息不对称而遭受损失。

    在拆迁补偿合同纠纷的处理中，还应当注重调解机制的运用。通过调解，可以在不损害双方利益的前提下，达成双方都能接受的解决方案。调解不仅能够有效化解纠纷，还能够减少诉讼成本，提高纠纷解决的效率。因此，法院和相关部门应当积极推动调解机制的运用，为拆迁补偿合同纠纷的解决提供更多选择。

    法律依据：中华人民共和国合同法第四条规定：当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。中华人民共和国城市房屋拆迁管理条例第二十四条规定：拆迁人应当依照本条例的规定，对被拆迁人给予补偿。中华人民共和国物权法第四十二条规定：为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和单位、个人的房屋及其他不动产。这些法律法规为房屋拆迁补偿合同纠纷的处理提供了明确的法律依据，确保了民事主体权益的保护与法律适用的公正性。