在土地经营权入股合同纠纷中，股权确认与转让涉及的法律风险较为复杂，需要从多个角度进行综合分析。土地经营权作为一种特殊的财产权利，其入股行为既受到农村土地承包法的规范，又与公司法中的股权制度存在交叉，因此在实践中容易引发争议。股权确认问题往往源于合同约定不明或权利凭证缺失，当农户以土地经营权入股企业时，若未明确约定入股方式、股权比例或确权程序，后期极易产生权属纠纷。特别是当土地经营权的评估作价存在争议时，可能直接影响股权确认的效力。

    转让环节的风险更为突出，土地经营权的特殊性决定了其股权转让不能完全等同于普通股权。根据现行规定，土地经营权的流转需符合农业用途管制要求，且期限不得超过承包剩余期限。若受让方不具备农业经营资质，或转让后改变土地用途，可能导致转让行为无效。实践中常见的情形是，企业股东擅自将土地经营权股权转让给第三方，而未经原承包农户同意，这种转让可能因违反强制性规定而被撤销。此外，股权转让价格的确定也容易引发争议，尤其是当土地增值后，原入股农户主张转让价格显失公平的情况时有发生。

    另一个值得关注的风险点是入股企业的债务承担问题。当企业资不抵债时，土地经营权作为出资可能面临强制执行，这将直接影响农户的承包权益。虽然相关法律对农户的基本生活保障有所考虑，但在执行程序中如何平衡债权人利益与农户权益仍需谨慎处理。同时，入股期限届满后的土地返还问题也需要在合同中明确约定，避免因约定不明导致土地无法按期收回。

    法律依据：中华人民共和国民法典第三百三十九条至第三百四十二条对土地经营权的设立、流转作了专门规定；中华人民共和国农村土地承包法第三十六条、第四十六条明确了土地经营权入股的具体要求；中华人民共和国公司法第二十七条、第七十一条对非货币财产出资及股权转让作出了规范。最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释也对相关争议处理提供了裁判标准。