渔业承包合同是明确发包方与承包方权利义务的重要法律文件，但在实际履行过程中，由于水域环境变化、市场波动或条款约定不明等因素，容易引发纠纷。处理此类纠纷时，应当首先厘清合同性质，区分是资源承包还是经营权承包，这直接关系到双方的权利义务范围。对于承包方而言，核心权利在于对特定水域的渔业资源进行开发利用，而义务则包括按时支付承包费用、合理利用资源以及遵守环境保护要求。发包方的主要权利是收取承包费用，义务则包括保障承包方的正常经营，不得无故干涉或擅自收回水域。

    纠纷常见于承包费用调整、水域使用权争议以及合同解除等方面。当市场价格发生显著变化时，双方可能对承包费用的调整产生分歧。此时，应优先依据合同约定，若合同未明确，则可参考行业惯例或通过协商确定合理标准。水域使用权纠纷多因发包方重复发包或第三方主张权利引发，承包方有权要求排除妨碍并主张赔偿。合同解除争议则需考察解除事由是否合法，如因政策调整导致合同无法履行，双方可协商解除，但若一方无故违约，另一方有权要求继续履行或索赔。

    在争议解决过程中，协商始终是首选方式，能够有效降低解决成本并维护合作关系。若协商无果，可寻求基层调解组织或行业主管部门介入。调解不成时，仲裁或诉讼成为最终途径，但需注意仲裁需以双方达成仲裁协议为前提。无论采取何种方式，证据的收集与保存都至关重要，包括合同文本、缴费凭证、现场照片以及往来函件等，这些都可能成为主张权利的关键依据。

    法律依据：中华人民共和国民法典第五百零九条规定当事人应按照约定全面履行义务；第五百七十七条明确违约方应承担继续履行、补救或赔偿损失等责任；中华人民共和国农村土地承包法第五十六条对承包合同纠纷调解仲裁作出专门规定；中华人民共和国渔业法第十一条及第十二条则对渔业水域使用权的取得与管理进行了规范。