在确认合同有效纠纷中，诉讼时效与举证责任的分配是实务中的核心问题。诉讼时效直接关系到当事人的胜诉权，而举证责任则决定了哪一方需要承担证明责任。对于诉讼时效的起算点，通常从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果合同本身约定了履行期限，时效一般从履行期限届满之日起算。若合同未约定履行期限，时效从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，但债务人在债权人第一次主张权利时明确表示不履行的，时效从明确表示不履行之日起算。

    举证责任方面，主张合同有效的一方通常需要提供合同成立及符合法定生效要件的证据，例如双方签字盖章的合同文本、履行合同的相关凭证等。若对方提出合同存在无效事由，如欺诈、胁迫或违反法律强制性规定，则提出无效主张的一方需承担相应的举证责任。实务中，法院会根据具体案情合理分配举证责任，确保双方诉讼权利平等。例如，涉及格式条款的争议时，提供格式条款的一方需证明已尽合理提示义务；涉及重大误解或显失公平的情形时，受不利影响的一方需证明相关事实。

    值得注意的是，确认合同有效纠纷中，若合同效力存在争议，法院可能依职权审查合同效力，不受当事人主张的限制。此时，即便一方未主动提出合同无效的抗辩，法院仍可能根据查明的事实对合同效力作出认定。因此，当事人应全面准备证据，不仅关注合同本身的真实性，还需注意合同内容的合法性。

    法律依据：
中华人民共和国民法典第一百八十八条、第一百九十二条至第一百九十五条（诉讼时效的规定）；
最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定第一条、第二条（民法典适用规则）；
最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定第二条、第五条（举证责任分配规则）。