子女抚养权争议是离婚案件中的常见问题，关系到子女的成长和权益。在处理离婚协议中子女抚养权争议时，法律会综合考虑多种因素，以确保子女的利益最大化。

首先，法院在审理抚养权争议时，会优先考虑子女的最佳利益。根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。

其次，法院在判决抚养权时会考虑父母的抚养能力。这包括经济条件、教育水平、健康状况以及生活环境等因素。例如，《中华人民共和国民法典》第一千零八十五条规定，父母双方对子女抚养权有争议的，应当先协商解决；协商不成的，由人民法院判决。判决时，应当考虑父母的抚养能力，以保障子女的健康成长。

此外，法院还会考虑子女的意愿。对于已满八周岁的子女，其意愿也会成为法院判决的一个重要参考因素。《中华人民共和国民法典》第一千零八十六条规定，已满八周岁的子女，可以随父或者母生活。

在实际操作中，以下情况可能导致抚养权争议：

在处理子女抚养权争议时，法院会根据以上情况，结合《中华人民共和国民法典》的相关规定，作出公正、合理的判决。

法律依据：

通过以上法律依据，可以看出，在处理离婚协议中子女抚养权争议时，法院会充分尊重子女的最佳利益，同时考虑父母的抚养能力和子女的意愿，确保判决的公正性和合理性。