运输合同纠纷案件的处理要点和法律适用分析是司法实践中非常重要的环节。在处理此类案件时，需充分考虑合同条款、事实情况以及相关法律规定，以确保公平、公正地解决争议。

    首先，在审理运输合同纠纷案件时，应着重审查合同条款的合法性、有效性。合同是双方当事人意思表示一致的结果，其内容应符合法律规定。若合同条款存在违法或无效的情形，应依法予以撤销或变更。同时，要关注合同条款的履行情况，判断合同是否已经实际履行，履行过程中是否存在违约行为。

    其次，对于运输合同纠纷案件的审理，应注重事实调查。在查明案件事实的基础上，判断双方当事人是否存在违约行为。对于违约行为，应依法确定违约责任。在调查过程中，要充分考虑证据的合法性、充分性和关联性，确保案件审理的公正性。

    此外，在审理运输合同纠纷案件时，要关注法律适用问题。根据中华人民共和国民法典的相关规定，运输合同纠纷案件的法律适用主要包括以下几个方面：

    运输合同的成立和生效。根据中华人民共和国民法典第四百六十九条、第四百七十条的规定，运输合同自双方当事人意思表示一致时成立，自成立时生效。

    运输合同的履行。根据中华人民共和国民法典第五百零九条、第五百一十条的规定，当事人应当按照约定履行运输义务，履行过程中应当遵循诚实信用原则。

    运输合同的变更和解除。根据中华人民共和国民法典第五百五十九条、第五百六十条的规定，当事人可以协商一致变更或解除运输合同，但应当遵循法定条件和程序。

    运输合同的违约责任。根据中华人民共和国民法典第五百八十三条、第五百八十四条的规定，当事人一方违约的，应当承担违约责任。

    运输合同的损害赔偿。根据中华人民共和国民法典第五百八十五条、第五百八十六条的规定，当事人一方因违约行为造成对方损失的，应当承担损害赔偿责任。

    最后，在审理运输合同纠纷案件时，要注重调解和仲裁。调解是解决合同纠纷的一种有效方式，有利于维护当事人合法权益，促进社会和谐。仲裁则是一种具有独立性的争议解决方式，具有保密性、高效性等特点。

    综上所述，在处理运输合同纠纷案件时，应充分考虑合同条款、事实情况以及相关法律规定，依法确定双方当事人的权利义务，确保案件审理的公正性和效率。以下为相关法律依据：

    中华人民共和国民法典第四百六十九条、第四百七十条、第五百零九条、第五百一十条、第五百五十九条、第五百六十条、第五百八十三条、第五百八十四条、第五百八十五条、第五百八十六条。