建设用地使用权合同纠纷案件在处理过程中，需严格遵循相关法律原则和程序。以下是一些处理要点与法律适用方面的探讨。

    首先，明确合同主体资格。在处理建设用地使用权合同纠纷案件时，首先要确认合同双方是否具备相应的主体资格。根据中华人民共和国民法典的规定，合同主体应当具备民事权利能力和民事行为能力。若一方主体不符合条件，则合同可能被认定为无效。

    其次，审查合同内容。合同内容应包括土地的面积、位置、用途、使用期限、土地使用权转让、抵押、租赁等内容。在处理纠纷时，应审查合同内容是否真实、合法、完整。若合同内容存在瑕疵，可能影响合同效力。

    再次，关注合同履行情况。在处理纠纷时，要关注合同履行过程中是否存在违约行为。若一方当事人未按合同约定履行义务，另一方当事人可要求其承担违约责任。

    此外，合理确定土地补偿费。在处理建设用地使用权合同纠纷案件时，土地补偿费的计算是一个重要环节。根据中华人民共和国土地管理法的规定，土地补偿费应按照被征收土地的原用途、区位、年限、用途等因素确定。在计算过程中，应充分考虑土地的市场价值、被征收土地的用途等因素。

    同时，关注合同变更与解除。在处理纠纷时，要关注合同变更与解除的条件。根据中华人民共和国民法典的规定，合同变更应当符合以下条件：一是双方当事人达成一致意见；二是变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定；三是变更内容不损害国家利益、社会公共利益。合同解除也需符合法律规定。

    最后，依法处理争议。在处理建设用地使用权合同纠纷案件时，要依法处理争议。若双方当事人无法协商解决，可向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院应依法审理，保护当事人的合法权益。

    法律依据：

    中华人民共和国民法典

    中华人民共和国土地管理法

    中华人民共和国民事诉讼法

    中华人民共和国仲裁法

    中华人民共和国合同法

    中华人民共和国城市房地产管理法

    中华人民共和国城乡规划法

    中华人民共和国物权法

    中华人民共和国担保法

    中华人民共和国侵权责任法

    通过以上处理要点与法律适用方面的探讨，有助于提高建设用地使用权合同纠纷案件的处理效率，保障当事人的合法权益。在实际操作中，还需结合具体案件情况，灵活运用相关法律法规，确保案件得到公正、合理的处理。