在房屋拆迁补偿合同纠纷中，民事主体权益保护的核心在于平衡公共利益与个人财产权的关系。拆迁行为涉及多方利益，包括政府、开发商与被拆迁人，而补偿合同的公平性与合法性直接影响当事人的切身利益。实践中，纠纷常因补偿标准不明确、评估程序不规范或合同条款显失公平引发，此时需通过法律手段保障弱势一方的合法权益。

    被拆迁人作为合同一方，其知情权与参与权应当得到充分尊重。补偿方案的形成过程需公开透明，确保评估机构的中立性，避免因信息不对称导致权益受损。若补偿金额明显低于市场价格，或安置条件未达到约定标准，当事人有权主张重新协商或请求法院调整合同内容。同时，开发商或征收部门若未履行及时支付补偿款、提供过渡安置等义务，可能构成违约，需承担继续履行或赔偿损失的责任。

    司法实践中，法院对补偿合同的审查重点包括签约程序的合法性、补偿标准的合理性以及合同履行的诚信原则。例如，采用胁迫手段迫使被拆迁人签订协议，或利用格式条款排除对方主要权利的情形，均可能导致合同部分或全部无效。此外，农村集体土地上房屋拆迁还涉及宅基地使用权补偿问题，需综合考虑土地管理法规与集体经济组织成员资格的特殊性。

    对于历史遗留的拆迁纠纷，需注意诉讼时效问题。当事人自知道或应当知道权利受侵害之日起三年内可提起诉讼，但超过二十年则一般不受法律保护。维权过程中，证据收集尤为关键，包括原始产权证明、评估报告、沟通记录等，必要时可申请行政机关或法院调取相关文件。

    法律依据：
中华人民共和国民法典第二百四十三条明确征收应基于公共利益需要并依法给予补偿；第五百三十三条规定情势变更下可协商或请求变更合同。国有土地上房屋征收与补偿条例第十九条要求补偿不低于类似房地产市场价格。最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定第十二条对集体土地征收补偿作出特别规定。