在建设工程合同纠纷中，逾期付款违约金计算标准是实务中的焦点问题之一。发包方未按约定支付工程款时，承包方有权主张违约金，但具体计算方式往往成为双方争议的核心。司法实践中，法院通常结合合同约定、实际损失及公平原则综合判定，既要保障守约方合法权益，又要防止违约金过高导致显失公平。

    合同明确约定违约金计算标准的，一般应优先适用约定。若约定的日利率或总比例过高，违约方可请求法院适当调减。部分地区法院将日利率万分之五作为合理上限参考，超过部分可能不被支持。若合同未约定或约定不明，则可参照同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率（LPR）的1.3至1.5倍计算，此举既体现资金占用成本，又符合行业交易习惯。

    值得注意的是，逾期付款行为持续时间较长时，可能出现分段适用不同利率标准的情形。例如，对于拖欠时间超过一年的部分，部分地区法院可能采用更高倍数计算，以强化对恶意拖欠的惩戒。同时，若承包方能够证明因逾期付款导致实际损失超出法定标准，如额外融资成本、停工损失等，还可主张赔偿超出违约金部分的损失。

    违约金主张的起算时间也需重点关注。工程款付款条件成就之日通常作为起算点，但若双方对工程验收或结算存在争议，需结合竣工验收报告、结算协议等证据确定。对于进度款逾期，则应依据合同约定的支付节点计算。此外，发包方以质量抗辩主张抵扣违约金时，需提供充分证据证明质量问题的关联性，否则难以获得法院支持。

    法律依据： 中华人民共和国民法典第五百八十五条规定当事人可以约定违约金，约定的违约金低于或过分高于造成的损失的，法院可予调整。最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）第二十六条明确，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的按约定，没有约定的按照同期同类贷款利率或LPR计息。保障中小企业款项支付条例第十五条则对机关、事业单位拖欠中小企业款项的逾期利息作出特别规定。